Sinh ra ở Thụy Sĩ trong một gia đình người Ý, Di Matteo đã bắt đầu sự nghiệp của mình với câu lạc bộ Thụy Sĩ FC Schaffhausen, trước khi gia nhập FC Zurich vào năm 1991 và FC Aarau một năm sau đó. Ông đã giành Nationalliga Thụy Sĩ A cùng Aarau trong năm 1993 và trong cùng một mùa giải ông đã được trao giải thưởng cầu thủ Thụy Sĩ của năm. Ông ký hợp đồng với Lazio trong mùa hè năm 1993 theo dạng chuyển nhượng tự do. Di Matteo đã thường xuyên có mặt tại Lazio. Kết thúc sự nghiệp tại Lazio ông đã được ký hợp đồng bởi Ruud Gullit cho câu lạc bộ Chelsea với mức giá 4,9 triệu £.

Di Matteo đã có một khởi đầu ấn tượng cho Chelsea trong sự nghiệp của mình, ông ghi bàn thắng trong trận gặp Middlesbrough. Khả năng chuyền dài chính xác đã thấy ông trở thành một trong những động lực của sự hồi sinh của Chelsea vào cuối những năm 1990. Ông đã đóng góp chín bàn thắng trong mùa giải đầu.